Maladies liées au gène CASK
Guide à l'intention des parents pour la lecture d'un rapport génétique
Au premier abord, les rapports génétiques peuvent sembler intimidants. Ils sont souvent rédigés à l’intention des médecins et des scientifiques, et contiennent donc de nombreuses abréviations, des chiffres et un vocabulaire technique. Ce guide explique certains des termes les plus courants dans un langage simple et accessible.
Les bases
Un rapport génétique a pour but de rechercher des modifications (appelées « variants » ou « mutations ») dans l' ADN d'une personne.
L'ADN est composé de quatre « lettres » chimiques :
- A = Adénine
- T = Thymine
- C = Cytosine
- G = Guanine
Ces lettres sont disposées dans un ordre précis, un peu comme les lettres d'une phrase. Les gènes sont des segments d'ADN qui contiennent les instructions nécessaires à la fabrication des protéines. Les protéines contribuent à la croissance et au bon fonctionnement du corps et du cerveau. Si les lettres de l'ADN changent, la protéine risque de ne pas fonctionner correctement.
Comprendre le nom d'un gène
Exemple : gène CASK
Cela vous indique quel gène est concerné. Chaque gène porte un nom unique, un peu comme le titre d'un livre.
Que signifie le terme « variante » ?
Exemple : Variante pathogène du gène CASK
Une « variante » désigne une modification de la séquence d'ADN. Différents termes permettent de qualifier l'importance de cette modification :
- Benign = harmless
- Probablement bénin = probablement inoffensif
- Variante de signification incertaine (VUS) = On en sait encore trop peu sur cette mutation pour déterminer si elle pourrait provoquer une maladie.
- Probablement pathogène = probablement pathogène
- Pathogenic = on sait qu'il provoque des maladies
Comprendre les chiffres et les lettres
Vous verrez peut-être quelque chose comme : c.2451del
Cela peut paraître effrayant, mais il s'agit simplement d'un code expliquant la mutation de l'ADN qui a été détectée :
c.= séquence d'ADN codante2451= la position dans le gène où la mutation s'est produitedel= délétion (il manque un fragment d'ADN)
Donc c.2451del signifie : « Une base d'ADN a été supprimée à la position 2451 du gène. »
Exemple de variant de type « missense »
Exemple : c.214G>A — une seule lettre de l'ADN a changé.
214= position dans le gèneG>A= la lettre G de l'ADN s'est transformée en A
Exemple de duplication
Exemple : vers 1200_1203 (doublon)
1200_1203= le segment d'ADN concernéduplicata= duplication
« Un petit segment d'ADN a été copié deux fois par erreur. »
Abréviations couramment utilisées dans les rapports génétiques
| Abréviation | Signification | Explication simple |
|---|---|---|
| del | Deletion | Lettres d'ADN manquantes |
| duplicata | Duplication | Copie supplémentaire d'ADN |
| ins | Insertion | Lettres d'ADN supplémentaires insérées |
| fs | Frameshift | Le message de l'ADN est décalé, ce qui entraîne souvent des problèmes majeurs |
| missense | Variante de type « missense » | Une seule modification d'une base de l'ADN entraîne la formation d'un composant différent de la protéine |
| nonsense | Variante absurde | Un changement déclenche un « signal d'arrêt » précoce |
| splice | Variante d'épissure | Influencer la manière dont les instructions génétiques sont assemblées |
Comprendre les modifications des protéines
Vous pouvez également consulter : p.Ile818fs
Le p. signifie « protéine ». Les protéines sont constituées d'éléments constitutifs plus petits appelés acides aminés.
Île= l'acide aminé isoleucine818= position dans la protéinefs= décalage de cadre
« À la position 818 de la protéine, la mutation de l'ADN a provoqué un décalage du cadre de lecture. » Les décalages du cadre de lecture empêchent souvent la protéine de fonctionner correctement, car ils perturbent le reste des instructions génétiques.
Exemple de mutation non synonyme
Modification des protéines : p.Arg72His
Arg= arginine (acide aminé d'origine)72= position dans la protéineSon= histidine (nouvel acide aminé)
Exemple de duplication
Modification des protéines : p.Glu402Argfs*15
Glu= acide glutamique (acide aminé d'origine)402= position de la protéineArg= arginine (nouvel acide aminé)fs= décalage de cadre*15= un signal d'arrêt apparaît 15 acides aminés plus loin
Qu'est-ce qu'un décalage de cadre de lecture ?
L'ADN est généralement lu par groupes de trois lettres :
LE CHAT A MANGÉ LE RAT
Si l'on supprime une lettre :
L'ATA L'A ACCUEILLIE À…
Le message tout entier s'en trouve modifié. Ce phénomène s'apparente à une mutation par décalage du cadre de lecture dans l'ADN. Les variants par décalage du cadre de lecture ont souvent un impact plus important que les changements d'une seule lettre.
Que signifie « de novo » ?
Cela signifie que cette mutation génétique est apparue chez l'enfant et n'a été héritée d'aucun de ses parents. Elle survient généralement de manière aléatoire lors de la formation de l'ovule ou du spermatozoïde. Les parents n'en sont pas à l'origine.
Termes médicaux courants figurant dans les rapports CASK
| Durée | Signification |
|---|---|
| MRI | Un examen du cerveau par imagerie par résonance magnétique |
| Microcephaly | Circonférence crânienne inférieure à la normale |
| Retard de développement | Ralentissement des progrès en matière d'apprentissage ou de développement |
| Hypoplasie cérébelleuse | Une partie du cerveau s'est développée moins que prévu |
| Hypoplasie ponto-cérébelleuse (PCH) | Retard de développement du cervelet et du pont |
Points importants à retenir
- Les rapports génétiques sont souvent rédigés dans un langage technique.
- Deux enfants présentant la même mutation génétique peuvent tout de même être très différents.
- Un rapport ne permet pas toujours de prédire avec exactitude comment un enfant va évoluer.
- La recherche sur les maladies génétiques rares se poursuit sans relâche.
Un petit exemple
Délétion — Variante pathogène du gène CASK (c.2451del p.Ile818fs)
« Une mutation pathogène a été identifiée dans le gène CASK. Il manque une base d'ADN à la position 2451. Cela modifie la façon dont la protéine est codée à partir de la position 818, ce qui risque d'empêcher la protéine de fonctionner correctement, voire d'être synthétisée. »
Missense — Likely pathogenic variant in CASK gene (c.214G>A p.Arg72His)
« À la position 214 du gène, la lettre G de l'ADN s'est transformée en A. Cela a entraîné le remplacement de l'arginine par l'histidine au niveau de l'acide aminé situé à la position 72. Ce changement d'acide aminé est susceptible d'influencer le fonctionnement de la protéine. »
Duplication — Variante pathogène du gène CASK (c.1200_1203dup p.Glu402Argfs*15)
« Une duplication a modifié le cadre de lecture de la protéine. À partir de la position 402, la séquence codante de la protéine a été altérée et un signal d'arrêt prématuré est apparu peu après. Cela risque d'empêcher la protéine de fonctionner correctement, voire d'être synthétisée. »
Conclusion
Il est tout à fait normal de se sentir dépassé lorsqu’on lit un rapport génétique pour la première fois. Vous n’êtes pas obligé de comprendre immédiatement toutes les abréviations. Les équipes de génétique, les conseillers en génétique et les associations d’aide aux patients peuvent vous aider à comprendre ce que ces résultats signifient pour votre enfant et votre famille.